O muro preservado pertence à Igreja da Madre de Deus; o Colégio de São Paulo era uma instituição distinta dentro do mesmo complexo jesuíta. Uma era um lugar de culto, a outra de ensino e preparação. A proximidade explica que se fale muitas vezes das ruínas em conjunto, mas as funções das duas instituições não devem ser confundidas numa só construção.
A história do colégio é anterior à sua elevação de estatuto, em 1594. Em 1565 existia uma pequena escola junto de uma capela na Fortaleza do Monte, onde se ensinava português às crianças. Em 1594, previa-se uma grande campanha de obras para transformar a residência jesuíta num colégio universitário. Foram etapas de desenvolvimento, não um único momento de fundação.
