El muro conservado pertenece a la iglesia de Mater Dei; el Colegio de San Pablo era una institución distinta dentro del mismo complejo jesuita. Una era un lugar de culto; la otra, de enseñanza y preparación. Su proximidad explica que a menudo se hable de ambas ruinas en conjunto, pero sus funciones no deben confundirse como si fueran un solo edificio.
La historia del colegio se remonta a antes de su elevación de categoría en 1594. En 1565 había una pequeña escuela junto a una capilla en la Fortaleza del Monte, donde se enseñaba portugués a niños. Para 1594 se proyectaron obras importantes para convertir la residencia jesuita en un colegio universitario. Fueron etapas de desarrollo, no un único momento fundacional.
