Um estromatólito não é a concha de um grande animal. É uma estrutura em camadas, produzida pela atividade de comunidades microbianas e pela acumulação de sedimentos e minerais. Os tapetes microbianos podem reter partículas; a sua atividade também pode favorecer a precipitação de minerais carbonatados. O crescimento e a deposição repetidos constroem um registo em camadas finas.
As formas resultantes podem ser cúpulas baixas ou colunas. Um corte transversal pode expor lâminas curvas sucessivas, enquanto uma superfície alterada pelo tempo pode mostrar apenas parte da estrutura. O vestígio importante não é simplesmente uma rocha parecer arredondada. É a relação entre as camadas repetidas e o processo que as construiu. Identificar um estromatólito exige essa distinção, em vez de uma semelhança com um objeto familiar.