스트로마톨라이트는 큰 동물의 껍데기가 아니다. 미생물 군집의 활동과 퇴적물·광물의 축적이 만든 층상 구조다. 미생물 매트는 입자를 붙잡을 수 있고, 그 활동은 탄산염 광물이 침전하는 데 도움을 줄 수도 있다. 성장과 퇴적이 반복되며 얇은 층에 기록을 쌓는다.
그 결과는 낮은 돔이나 기둥 형태가 될 수 있다. 단면에서는 연속된 굽은 층무늬가 드러나지만 풍화된 표면에는 구조 일부만 보일 수 있다. 중요한 증거는 바위가 둥글게 생겼다는 사실이 아니라 반복되는 층과 그것을 만든 과정의 관계다. 스트로마톨라이트를 식별하려면 친숙한 물건과의 닮음이 아니라 이 차이를 알아야 한다.