Les bâtiments de Samyé se rassemblent dans une enceinte au fond de la vallée. Chimpu, également nommé Qingpu, occupe un autre type de lieu dans les montagnes voisines. Les espaces de retraite se répartissent sur les pentes du mont Nari, donnant au relief un rôle direct dans la compréhension du site.
Les présentations de Shannan l’associent à Padmasambhava et à d’autres figures des débuts du bouddhisme au Tibet. Ces liens religieux donnent aux grottes et aux rochers des significations qui dépassent leur forme naturelle. Un creux dans la montagne devient un lieu dont la pratique et l’enseignement entretiennent la mémoire.