Los edificios de Samye se reúnen dentro de un recinto en el fondo del valle. Chimpu, también escrito Qingpu, ocupa otro tipo de espacio en las montañas cercanas. Los lugares de retiro se distribuyen por las pendientes del monte Nari, y el relieve participa directamente en la comprensión del sitio.
Las descripciones de Shannan lo relacionan con Padmasambhava y otras figuras de la historia temprana del budismo en el Tíbet. Estas asociaciones dan a cuevas y rocas significados que van más allá de sus formas naturales. Una hondonada se convierte en un lugar recordado a través de la práctica y la enseñanza.