Os edifícios de Samye se reúnem dentro de um recinto no fundo do vale. Chimpu, também escrito Qingpu, ocupa outro tipo de lugar nas montanhas próximas. Os espaços de retiro se distribuem pelas encostas do monte Nari, dando ao relevo um papel direto na compreensão do sítio.
As apresentações de Shannan o associam a Padmasambhava e a outras figuras do início da história budista no Tibete. Essas relações religiosas dão às cavernas e rochas sentidos que ultrapassam suas formas naturais. Uma dobra da montanha se torna um lugar lembrado pela prática e pelo ensinamento.