玉龍雪山聳立在麗江平原以北,但它的作用不只是城市背景。玉龍雪山省級自然保護區位於玉龍納西族自治縣境內,1984年建立。林草部門列出的保護對象包括現代冰川、高山植被以及珍稀動植物。聯合國教科文組織對麗江歷史聚落的描述,也把雪山視作平原河流和泉水的源頭,為古城水系供水。山與城的聯繫不僅在視線之中,也通過水流建立起來。
保護區的生態隨海拔和坡向而變化。國家林草局的科普報道描述,從金沙江河谷向主峰海拔跨度超過4000米,氣候從亞熱帶逐漸過渡至寒冷的高山環境。向陽南坡與虎跳峽附近的乾熱河谷,並非同一種植被。隨着海拔和水分條件改變,櫟類、松林、暗針葉林及高山植物依次出現。山體因此形成多個生境,而非單一連續的森林類型。