玉龙雪山耸立在丽江平原以北,但它的作用不只是城市背景。玉龙雪山省级自然保护区位于玉龙纳西族自治县境内,1984年建立。林草部门列出的保护对象包括现代冰川、高山植被以及珍稀动植物。联合国教科文组织对丽江历史聚落的描述,也把雪山视作平原河流和泉水的源头,为古城水系供水。山与城的联系不仅在视线之中,也通过水流建立起来。
保护区的生态随海拔和坡向而变化。国家林草局的科普报道描述,从金沙江河谷向主峰海拔跨度超过4000米,气候从亚热带逐渐过渡至寒冷的高山环境。向阳南坡与虎跳峡附近的干热河谷,并非同一种植被。随着海拔和水分条件改变,栎类、松林、暗针叶林及高山植物依次出现。山体因此形成多个生境,而非单一连续的森林类型。