一座城堡，一所书院，一门学问

1653年，荷兰人在赤崁建起普罗民遮城，位置在他们安平港以东约三公里。比起热兰遮城，它是一座更小的前哨，用意是加强公司对平原与西拉雅族社的控制。1661年郑成功大军登陆，这座城堡没有经过长期围困便投降，荷兰人在台湾的时期随即结束。此后建筑毁于兵变与地震，今天所见的结构主要是清代重建。赤崁之名来自西拉雅族社名 Sakam，后来写成汉字。

1665年，荷兰人投降三年后，郑经采纳咨议参军陈永华的建议，在城堡南边的高地上建孔庙与国学。庙在右，学在左。这是台湾第一座此类机构，至今仍称「全台首学」。1683年清廷将台湾纳入版图后，此处改为台湾府学，此后多次修葺扩建，1712年与1777年两次尤为显著。那几次修缮的格局留存至今。

庙区有一条礼仪轴线：大成门、供奉孔子牌位的大成殿，以及两侧祭祀弟子的厢房。后方的书院有明伦堂，是讲师授课之处，庭院两侧则是六艺厢房。日治时期建筑曾受损，一度用作学校与营房，1980年代修复。祭典至今仍在举行，这里也是台湾唯一以三牲——羊、猪、牛——祭孔的地方。四周街巷满是小店与老屋。