建文帝在解决其他藩王的时候，眼睛却始终看着朱棣，因为他也清楚，这个人才是他最为可怕的对手。为了削减朱棣的实力，他先派工部侍郎张丙（上有曰旁）接任了北平市市长的职务，然后任命谢贵、张信为北平都指挥使，掌握了北平的军事控制权。之后他还派宋忠（此名极不吉利）率兵三万，镇守屯平、山海关一带，随时准备动手。
刀已经架到脖子上了，朱棣似乎成为了板上鱼，在很多人看来，他只能束手就擒了。
然而就在此时，朱棣却做出了一件别人想不到的事。
按照规定，建文帝登基后，藩王应入朝晋见皇帝，由于当时局势十分紧张，很多人都认为朱棣不敢如期拜见新皇帝，但大家万万没有想到，他不但来了，还干出了惊人之举。
建文元年三月份，燕王入朝参拜新君，按说来到别人的地盘就老实点吧，可这位仁兄居然在众目睽睽之下"行皇道入，登陛不拜"。可见朱棣嚣张到了何种地步。
朱棣的无礼举动引起了群臣的愤怒，户部侍郎卓敬多次上奏，要求就地解决朱棣，建文帝竟然以燕王是自己的至亲为由拒绝了这一正确提议。卓敬气得跳脚，大叫起来："杨坚、杨广两人难道不是父子吗"？！
但建文帝仍然拒绝了他的提议。
朱棣就这样在京城逛了一圈，风风光光的回了北平。而齐泰和黄子澄竟然结结实实当了一回看客，平日在地图上运筹帷幄、决胜千里的所谓谋略家就是这样的水平。
当然，建文帝手下并非都是一些如齐泰、黄子澄之类的人，事实证明，他还是有许多得力部下的。
隐蔽战线的斗争 在这场斗争中，建文帝并非不堪一击，他也使用了很多权谋手段，特别是在地下工作方面，可谓卓有成效。
成功的策反 建文元年（1399）初，朱棣派长史葛诚进京城朝见皇帝，其实这个葛诚也是个间谍，他的真实目的是打探消息，但朱棣万没有想到的是，此人竟然被策反了，而策反葛诚的正是皇帝本人。
葛诚一到，建文帝便放下架子，以九五之尊对葛诚礼遇有加，估计也亲切地询问了他的家庭收入况并鼓励他好好工作之类。葛诚十分感动，皇帝竟然如此看重自己！他一时头热，就主动交待了燕王朱棣的种种不法行为和自己的间谍身份。然后他光荣地接受了建文帝地下工作者的称号，表示回去后一定努力工作，并及时做好报信息传递工作，争取早日将燕王等人一网打尽。
一颗钉子就这样扎下了。
