正在他征战江苏的时候，密探告诉他，他的亲侄子，战功卓著的朱文正已经勾结了张士诚，准备出兵讨伐他。
朱元璋之前也曾被人背叛过，至正二十二年，大将绍荣和赵继祖密谋杀害他，被告发，朱元璋将其二人处死，至元二十三年，正在与陈友谅决战的关键时刻，大将谢再兴叛变，朱元璋处理及时，将叛乱**。
然而，朱文正的叛变，却让他真正陷入了痛苦中，连自己最信任的亲侄子，得力大将都要背叛自己，到底是为了什么！
其实原因很简单，只是为了官位。
在朱元璋打败陈友谅后，他论功行赏，由于朱文正是他的侄子，立功最大。所以他先问朱文正有什么要求，要封什么官。朱文正颇有些大将风度，对朱元璋说，咱俩是亲戚啊，你先封别人吧，我对这些没什么兴趣。
朱元璋听了大喜过望，觉得自己的这个侄子真是个人才，识大体，顾大局。于是就把好的位置封给了别人，仍旧让朱文正来守江西。
他哪里知道，朱文正是跟他客气客气的，就如同拍卖行里的叫价，他是等着朱元璋提高价钱，挽留他一下，说出如你一定不能推辞这类的话，没有想到朱元璋居然不抬价，直接敲了榔头。
成交！
朱文正的不满终于爆发了，守洪都是我功劳最大，论功行赏却没有我，他怎么想也想不通，整日借酒浇愁，还公然出外强抢民女，卖官赚钱。但这仍然不能让他达到心理平衡，每当他看到那些手下在应天这些富庶的地方耀武扬威，而自己只能守着江西，都会从心底里对朱元璋表示不满。当这种不满到达顶点，他就必然走向极端。
天下谁还可以和朱元璋抗衡？
只有张士诚了。
就在他紧锣密鼓的准备时，朱元璋知道了这个消息。
他丢下了手中的工作，亲自来到洪都。
他要清理门户。
朱文正和朱元璋的见面很有戏剧，看到朱元璋时，朱文正就懵了。朱元璋却一点也不懵，他充分表现了自己质朴的本，没有讲诸如今天天气很好啊，你好象长胖了之类的寒暄话，一点也不玩虚的，直接用鞭子去抽朱文正，一边打还一边说：小子，你想干什么！
朱元璋本来想处死朱文正，但由于马皇后的劝阻，他没有这样做，而是将他关了起来。客观的讲，朱元璋对朱文正还是不错的，他在之后的洪武三年（1370）封朱文正年仅八岁的儿子为王，并就藩桂林。
无论怎么说，错误在朱文正的一边。
这个战功卓著，颇具天才的将领就这么结束了他的光辉一生，最后在囚中死去。他的悲剧源自于他的格，这个有着军事天才的人，却不懂得怎么为人，他格乖张，心狭窄，品行不佳，即使不坏在这件事上，总有一天，也会因为其他事惹祸。从这个角度看，他的悲剧是注定的格决定命运啊 这件事却给朱元璋造成了极大的心理影，他从此不敢相信任何人，连自己最放心，最得力的侄子都背叛自己，还有何人可以相信？
对于朱元璋来说，火药已经埋藏在他的心里，就看何时爆发了 解决这件事后，朱元璋接着对付他的老对头，张士诚。
至元二十五年的战争已经把张士诚赶出了长江以北，东吴军缩在江杭一带，也就是今天的苏州和杭州。张士诚似乎还不明白自己的处境，他还想占据所谓的江南半壁，当他的富地主。
