他也是公爵里唯一的文臣。
相比之下，刘基也为朱元璋打天下立下了大功，却只被封诚意伯（伯爵），耐人寻味的是，他的俸禄也是伯爵中最低的，年俸只有240石，而李善长是4000石，多出刘基十几倍。
后人往往不解，刘基运筹帷幄，决胜千里，在许多重要决策中，起到了重要作用，为什么只得到这样的待遇？
其实只要仔细想想，就会发现这个问题并不是那么难以解释。朱元璋是一个乡土观念很重的人，李善长是他的老乡，而且多年来只在幕后工作，从不抢风头，埋头干活，这样的一个人朱元璋是很放心的。相对的，刘基是一个外乡人，更重要的是，刘基对事情的判断比他还要准确！
从龙湾之战到救援安丰，朱元璋想到的，他也想到了，朱元璋没有想到的，他还是想到了。
换了你是皇帝，会容许这样的一个人在身边么？而且这些决策并非安民之策，而是权谋之策，用来搞阴谋政变十分有用，外加刘基厚黑学的根底也很深，朱元璋时不时就会想起他劝自己不要去救韩林儿这件事。谁知他将来会不会对自己也来这么一手。
不杀他已经不错了，还想要封赏么 刘基一生聪明，但也疏忽了这一点。
这也就决定了他在这场斗争中很难成为胜利者。
洪武元年，双方第一次交锋 当时的监察机构是仿照元朝机构建立的御史台，刘基的官位是御史中丞，也就是说，他是言官的首领，我们前面介绍过言官们的力量，此时的优势在刘基一边。
引发矛盾的导火线是一个叫李彬的人，这个人是李善长的亲信，他由于犯法被刘基抓了起来，查清罪行后，刘基决定要杀掉他，此时正好朱元璋外出，李善长连忙去找刘基说请，刘基却软硬不吃，不但不买他的帐，还将这件事向朱元璋报告。朱元璋大怒，命令立刻处死李彬，不巧的是，这份回复恰巧落在了李善长手里，他虽不敢隐瞒，但也怒不可遏。他明白直接找刘基求情是不行了，为了救自己的亲信一命，他想了一个借口，他相信只要讲出这个借口，刘基是不会拒绝他的求情要求的。
他找到刘基，对他说：“京城有很久不下雨了，先生熟知天文，此时不应妄杀人吧”。李善长可谓老奸巨猾，他明知刘基深通天文之道，以此为借口，如刘基坚持要杀李彬，大可将天不下雨的责任推倒刘基的身上，当时又没有天气预报，鬼知道什么时候下雨。
然而刘基的回答是：“杀李彬，天必雨！”
李彬就这样被杀掉了 李善长被激怒了，他开始准备自己的第一次反击。
刘基敢说这样的话，应该说他是有一定把握的，他确实懂得天文气象，可问题在于即使是今天的天气预报，也有不准的时候。
这一次刘基的运气不好，过了很久也不下雨，等到朱元璋一回来，李善长积聚已久的能量爆发了出来，他煽动很多人攻击刘基。朱元璋是个明白人，并没有难为刘基，但刘基自己知道，这里是呆不下去了，于是在当年八月，他请假回了老家。
临走前，正值当时朱元璋头脑发热，想把首都建在凤阳，同时还积极准备远征北元。刘基给了朱元璋最后的建议，首都建在凤阳是绝对不行的，而北元还有很强的实力，轻易出兵是不妥当的。后来的事实证明，他又对了 应该说，当时的朱元璋是很理解刘基的，他对刘基的儿子说过，现在满朝文武都结党，只有刘基不和他们搞在一起，我是明白人，不会亏待他的。
朱元璋这次可真是被刘基给蒙了，刘基并不是什么善男信女，他在临走之前已经布下了自己的棋子，杨宪 杨宪是刘基的死党，他得到了刘基的指示，接任了御史中丞，准备对淮西集团的反攻。
这位杨宪也不简单，他韬光养晦，扶植高见贤等人并利用言官的力量，不断收集李善长的把柄，并在朱元璋面前打小报告，说李善长无才无德，不能委以重任。朱元璋不是蠢人，他知道杨宪说这些话的目的何在，开始并未为之所动，但时间长了，他也慢慢对李善长有了看法，对李善长多有指责，十一月，他召回了刘基，并委以重任。淮西集团全面被打压。
